หนึ่งปีหลังจากเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นระหว่าง “การต่อสู้ครั้งสุดท้าย” และติดตั้ง Omnitrix ใหม่ล่าสุด เบ็น เทนนีสัน วัย 16 ปีต้องเผชิญกับศัตรูรายใหม่