เบ็นพร้อมที่จะเป็นฮีโร่เดี่ยวกับออมนิทริกซ์คนใหม่ของเขาหลังจากที่เกวนและเควินออกจากมหาวิทยาลัย แต่คุณปู่แม็กซ์ได้ร่วมทีมกับเขากับคู่หูมือใหม่ที่อ่านหนังสือไม่ออก พวกเขาร่วมกันสำรวจเมืองลับของมนุษย์ต่างดาวที่รู้จักกันในชื่อ Undertown ใต้เมือง Bellwood ในขณะเดียวกัน นักล่าลึกลับที่รู้จักกันในชื่อไคเบอร์ก็มุ่งเป้าไปที่เบ็น! ด้วยฮีโร่เอเลี่ยนหน้าใหม่ให้เลือก ความสนุกเพิ่งจะเริ่มต้นเท่านั้น มันเป็น Omniverse ใหม่ทั้งหมด!